Varhanní koncerty „U Křižovníků“ jsou koncipovány jako hodinové ucelené programy, kde vedle skladeb světoznámých mistrů období baroka a klasicismu zaznívá pravidelně i hudba českých autorů. Posluchačsky přístupná, avšak umělecky hodnotná dramaturgie střídá již tak bohatý zvuk varhan a kombinace jejich spojení se sólovými nástroji či zpěvu, takže posluchač je neustále překvapován novými barvami a zvukovými variacemi. Na koncertech účinkují zpravidla tři umělci – sólisté našich předních operních scén a orchestrálních těles, pedagogové Akademie múzických umění i Pražské konzervatoře.Již tradičním překvapením pro naše posluchače jsou i uvítací fanfáry v podání dvou trubačů ve stylizovaných kostýmech, hrané na „heroldské trompety“ po dobu 30 minut před začátkem každého koncertu na vstupním schodišti před kostelem sv. Františka.V kostele sv. Františka se nacházejí unikátní barokní varhany z roku 1702, které jsou druhým nejstarším nástrojem v Praze. Na tento proslulý, dnes navíc citlivě opravený nástroj, zde hrála řada osobností, vedle jiných i W. A. Mozart, A. Dvořák nebo J. F. N. Seger. Varhany jsou umístěny v pravé přední části kostela, je tak zajištěn skvělý akustický i vizuální zážitek.